Thủ tục hải quan đóng vai trò then chốt trong chuỗi cung ứng quốc tế, tác động trực tiếp đến hiệu quả hoạt động và năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp. Việc nắm vững và thực hiện đúng quy trình thủ tục hải quan không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn tối ưu thời gian và chi phí vận hành.
Đối với các doanh nghiệp xuất nhập khẩu, việc thành thạo thủ tục hải quan là yếu tố quan trọng giúp rút ngắn thời gian thông quan, giảm thiểu rủi ro pháp lý và nâng cao hiệu quả logistics. Đây cũng là nền tảng để duy trì quan hệ với đối tác, đảm bảo chuỗi cung ứng vận hành ổn định và bền vững.
Trong bài viết này, chúng tôi sẽ mang đến hướng dẫn chi tiết về thủ tục hải quan, từ quy trình thực hiện đến các bước thông quan cụ thể, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa quy trình làm việc và nâng cao hiệu quả hoạt động kinh doanh.

Thủ tục hải quan là gì?
Thủ tục hải quan là quy trình gồm nhiều bước mà người khai hải quan và cơ quan hải quan cần thực hiện khi hàng hóa hoặc phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh hay quá cảnh qua biên giới quốc gia.
Quy trình này nhằm đảm bảo kiểm soát, quản lý và thu thuế hàng hóa đúng theo quy định của pháp luật hiện hành.
Đây là bước bắt buộc trong hoạt động xuất nhập khẩu, giúp Nhà nước quản lý hiệu quả việc lưu thông hàng hóa, bảo vệ lợi ích kinh tế quốc gia, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp vận chuyển hàng hóa hợp pháp, nhanh chóng và thuận lợi.
Mục đích của thủ tục hải quan
Thủ tục hải quan không chỉ là một quy trình hành chính bắt buộc trong hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, mà còn đóng vai trò then chốt trong việc bảo vệ an ninh kinh tế và chủ quyền quốc gia. Đồng thời, thủ tục hải quan còn góp phần thúc đẩy thương mại quốc tế phát triển bền vững và minh bạch.
1. Kiểm soát hàng hóa và phương tiện ra vào lãnh thổ Việt Nam
Thông qua quá trình kiểm tra và khai báo hải quan, cơ quan chức năng có thể nắm rõ loại hàng, số lượng, trị giá, xuất xứ và mục đích sử dụng của hàng hóa. Việc này giúp phân loại chính xác hàng hóa, xác định đúng mức thuế xuất nhập khẩu, đồng thời phát hiện sớm các mặt hàng thuộc danh mục cấm hoặc hạn chế lưu thông.
2. Đảm bảo tuân thủ pháp luật và chính sách quản lý hàng hóa
Thủ tục hải quan giúp cơ quan nhà nước giám sát việc thực hiện các quy định pháp luật như Luật Hải quan, Luật Thuế xuất nhập khẩu và Luật Quản lý ngoại thương. Qua đó, doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, góp phần tăng thu ngân sách nhà nước và tạo môi trường cạnh tranh công bằng trong thương mại quốc tế.
3. Ngăn chặn buôn lậu và gian lận thương mại
Trong quá trình kiểm tra hồ sơ và soi chiếu thực tế, cơ quan hải quan có thể phát hiện các hành vi khai sai tên hàng, trị giá, sử dụng chứng từ giả hoặc che giấu hàng cấm. Việc áp dụng hệ thống quản lý rủi ro trong hải quan giúp phát hiện vi phạm sớm, từ đó bảo vệ thị trường nội địa, người tiêu dùng và duy trì trật tự xã hội.
4. Tạo thuận lợi cho thương mại quốc tế nhờ hải quan điện tử
Hiện nay, quy trình hải quan điện tử được triển khai qua hệ thống VNACCS/VCIS và Cổng thông tin một cửa quốc gia (NSW), giúp doanh nghiệp khai báo nhanh, tiết kiệm thời gian và chi phí thông quan. Việc hiện đại hóa thủ tục hải quan không chỉ tăng năng lực cạnh tranh quốc gia mà còn tạo môi trường đầu tư minh bạch, thuận lợi cho doanh nghiệp trong và ngoài nước.

Các hình thức thủ tục hải quan hiện nay
Hiện nay, để đáp ứng nhu cầu ngày càng cao trong hoạt động xuất nhập khẩu, Việt Nam áp dụng linh hoạt nhiều hình thức thực hiện thủ tục hải quan. Mỗi hình thức mang những đặc điểm và lợi ích riêng, phù hợp với điều kiện và quy mô của từng doanh nghiệp.
Thủ tục hải quan truyền thống
Thủ tục hải quan truyền thống là phương thức khai báo và làm thủ tục trực tiếp tại chi cục hải quan. Người khai hải quan – thường là nhân viên doanh nghiệp hoặc đại lý hải quan – phải đến cơ quan hải quan để nộp đầy đủ hồ sơ giấy tờ gồm: tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng từ xuất xứ, chứng nhận kiểm tra chất lượng (nếu có),…
Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cán bộ hải quan sẽ tiến hành kiểm tra, xác định có cần kiểm hóa thực tế hàng hóa hay không, rồi mới ra quyết định thông quan hàng hóa.
Mặc dù hình thức này được xem là lạc hậu trong kỷ nguyên số, nhưng vẫn được áp dụng trong một số trường hợp đặc biệt, chẳng hạn như doanh nghiệp chưa đủ điều kiện khai báo điện tử, hệ thống điện tử gặp sự cố hoặc khi cần xử lý tình huống phát sinh ngoài quy trình thông thường.
Tuy nhiên, thủ tục hải quan truyền thống thường gây mất nhiều thời gian, tốn kém chi phí đi lại và dễ phát sinh sai sót do phụ thuộc vào yếu tố con người.

Thủ tục hải quan điện tử
Thủ tục hải quan điện tử hiện là phương thức được áp dụng rộng rãi và khuyến khích tại Việt Nam. Hình thức này được triển khai thông qua hệ thống VNACCS/VCIS – hệ thống thông quan tự động do Hải quan Nhật Bản hỗ trợ phát triển.
Với quy trình điện tử này, doanh nghiệp có thể khai báo thông tin hàng hóa trực tuyến trên phần mềm được cấp phép và gửi dữ liệu trực tiếp đến hệ thống hải quan. Sau khi tiếp nhận, hệ thống sẽ tự động phản hồi kết quả phân luồng (xanh – vàng – đỏ), giúp doanh nghiệp chủ động nắm rõ các bước xử lý tiếp theo.
Ưu điểm nổi bật của thủ tục hải quan điện tử là giúp rút ngắn thời gian thông quan, tiết kiệm chi phí và hạn chế tiếp xúc trực tiếp với cán bộ hải quan, từ đó nâng cao tính minh bạch và giảm thiểu rủi ro tiêu cực.
Bên cạnh đó, toàn bộ hồ sơ được lưu trữ dưới dạng điện tử, dễ dàng tra cứu, kiểm tra và quản lý khi cần thiết. Có thể nói, việc áp dụng thủ tục hải quan điện tử là bước tiến tất yếu trong quá trình hiện đại hóa ngành hải quan, phù hợp với xu hướng chuyển đổi số, phát triển thương mại điện tử và hội nhập quốc tế.
Khai báo hải quan một cửa quốc gia
Hình thức khai báo hải quan qua Cổng thông tin một cửa quốc gia (National Single Window – NSW) là bước tiến quan trọng trong quá trình hiện đại hóa thủ tục hải quan điện tử tại Việt Nam.
Với hệ thống này, doanh nghiệp xuất nhập khẩu có thể thực hiện đồng thời nhiều thủ tục hành chính trên một nền tảng duy nhất, thay vì phải làm việc riêng lẻ với từng bộ, ngành như Bộ Công Thương, Bộ Y tế hay Bộ Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn.
Sau khi hồ sơ được nộp lên hệ thống NSW, dữ liệu sẽ tự động chuyển đến các cơ quan quản lý chuyên ngành để xử lý nhanh chóng và chính xác.
Điểm mạnh nổi bật của Cổng thông tin một cửa quốc gia NSW là giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, công sức, hạn chế tối đa tình trạng hồ sơ bị chậm trễ hoặc thất lạc. Đồng thời, hệ thống này còn tăng cường khả năng liên thông giữa các bộ ngành, hỗ trợ Tổng cục Hải quan trong việc quản lý rủi ro, hướng tới một môi trường thông quan hiện đại, minh bạch và hiệu quả hơn.

Quy trình làm thủ tục hải quan thông quan hàng hóa
Trong hoạt động xuất nhập khẩu, nắm rõ quy trình làm thủ tục hải quan là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và tránh các rủi ro không đáng có.
Chuẩn bị hồ sơ hải quan
Trước khi thực hiện khai báo hải quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ theo quy định hiện hành. Bộ hồ sơ hải quan cơ bản bao gồm các chứng từ quan trọng sau:
-
Tờ khai hải quan điện tử (thực hiện trên phần mềm khai báo).
-
Hợp đồng thương mại (Sale Contract).
-
Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice).
-
Vận đơn (Bill of Lading/Airway Bill).
-
Phiếu đóng gói hàng hóa (Packing List).
-
Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O – nếu có).
-
Giấy phép hoặc kết quả kiểm tra chuyên ngành (đối với hàng hóa thuộc diện quản lý đặc biệt).
Việc chuẩn bị hồ sơ hải quan đầy đủ và chính xác ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp rút ngắn thời gian khai báo, hạn chế rủi ro bị trả hồ sơ hoặc phân luồng kiểm tra nghiêm ngặt, đảm bảo quá trình thông quan hàng hóa diễn ra nhanh chóng và thuận lợi.
Nộp tờ khai hải quan điện tử
Sau khi hoàn thiện đầy đủ hồ sơ hải quan, doanh nghiệp tiến hành khai báo thông tin hàng hóa thông qua phần mềm khai báo hải quan điện tử được Tổng cục Hải quan phê duyệt và gửi tờ khai lên hệ thống VNACCS/VCIS.
Hình thức khai báo điện tử hiện nay được xem là phương thức phổ biến và gần như bắt buộc trong hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa. Sau khi tiếp nhận, hệ thống VNACCS/VCIS sẽ tự động kiểm tra cú pháp, tính hợp lệ của tờ khai, sau đó phản hồi mã số tờ khai cùng kết quả phân luồng tương ứng. Lúc này, tờ khai hải quan sẽ hiển thị trạng thái “chờ xử lý” hoặc “đã tiếp nhận”, tùy theo từng tình huống cụ thể.
Lưu ý: Trong một số trường hợp đặc biệt, nếu hệ thống khai báo điện tử gặp sự cố hoặc doanh nghiệp chưa đáp ứng đủ điều kiện tham gia, hình thức khai báo hải quan truyền thống bằng văn bản giấy vẫn được phép áp dụng, tuy nhiên rất hạn chế trong thực tế.
Phân luồng tờ khai và ý nghĩa của các luồng (xanh, vàng, đỏ)
Sau khi doanh nghiệp nộp tờ khai hải quan, hệ thống sẽ tự động phân loại theo mức độ rủi ro của thông tin. Quá trình này được chia thành 3 luồng chính:
-
Luồng xanh: Được miễn kiểm tra hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Hàng hóa ở luồng này sẽ được thông quan tự động ngay lập tức.
-
Luồng vàng: Cơ quan hải quan sẽ kiểm tra hồ sơ giấy hoặc bản scan trên hệ thống. Nếu hồ sơ đầy đủ và hợp lệ, lô hàng sẽ được thông quan nhanh chóng.
-
Luồng đỏ: Phải kiểm tra cả hồ sơ lẫn thực tế hàng hóa. Đây là luồng kiểm tra nghiêm ngặt nhất, thường áp dụng với doanh nghiệp mới, mặt hàng có rủi ro cao hoặc hồ sơ có dấu hiệu bất thường.
Việc hiểu rõ ý nghĩa của từng luồng kiểm tra hải quan giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong quá trình xử lý và đáp ứng kịp thời các yêu cầu phát sinh từ cơ quan chức năng.

Kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có)
Nếu tờ khai hải quan được phân vào luồng đỏ (hoặc đôi khi là luồng vàng đặc biệt), doanh nghiệp cần phối hợp chặt chẽ với cán bộ hải quan để tiến hành kiểm tra thực tế hàng hóa tại kho, bãi cảng hoặc sân bay.
Quy trình kiểm hóa có thể bao gồm:
-
Kiểm tra toàn bộ lô hàng.
-
Kiểm tra một phần hàng hóa theo tỷ lệ.
-
Kiểm tra bằng máy soi chiếu container (nếu có).
Đồng thời, doanh nghiệp cần đảm bảo cung cấp hàng hóa đúng như khai báo, tuân thủ đầy đủ các quy định về xuất xứ, định lượng, chất lượng và nhãn mác, tránh mọi vi phạm trong quá trình thông quan.
Nộp thuế, phí và lệ phí hải quan
Khi hệ thống xác nhận hồ sơ hợp lệ, doanh nghiệp cần hoàn thành nghĩa vụ tài chính bằng cách nộp các loại thuế và phí bao gồm:
-
Thuế nhập khẩu (nếu có).
-
Thuế giá trị gia tăng (VAT).
-
Thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu áp dụng).
-
Lệ phí làm thủ tục hải quan.
-
Các loại thuế, phí khác theo quy định của pháp luật.
Việc nộp thuế có thể thực hiện qua ngân hàng thương mại liên kết với hệ thống nộp thuế điện tử của Tổng cục Hải quan, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, tránh sai sót và đảm bảo tuân thủ đầy đủ quy định hiện hành.
Hoàn tất thông quan và lấy hàng tại cảng/kho
Sau khi hoàn tất nghĩa vụ nộp thuế và các thủ tục kiểm tra cần thiết, hệ thống hải quan sẽ cập nhật trạng thái “được thông quan”. Lúc này, doanh nghiệp có thể tiến hành in tờ khai hải quan chính thức và thực hiện các thủ tục nhận hàng tại cảng hoặc kho lưu trữ.
Doanh nghiệp sẽ phối hợp với hãng tàu, đơn vị kho bãi hoặc cơ quan cảng vụ để:
-
Nhận lệnh giao hàng (D/O).
-
Trả container rỗng (đối với hàng nhập khẩu bằng container).
-
Thanh toán chi phí lưu kho, lưu bãi (nếu có).
Sau khi hoàn tất các bước trên, hàng hóa sẽ được vận chuyển về nhà máy, kho nội địa hoặc giao đến người mua theo hợp đồng thương mại.
